Mälaren är Sveriges tredje största sjö och sträcker sig västerut bortom Västerås. I Huddinge kommun är Vårbyfjärden och Fittjaviken delar av sjön Mälaren.
Huddinge kommun har ingen egen provtagning i Mälaren. Provtagning av Mälaren som helhet sker inom Mälarens vattenvårdsförbund, där Huddinge kommun är medlem. Provtagning av den östra delen av Mälaren sker av Stockholm Vatten AB och redovisas i Stockholms Miljöbarometer. Se länkarna.
Vårby gård och Haga, men även hela Kungens Kurva, Segeltorp och Snättringe ligger inom tillrinningsområdet till Mälaren. Långsjön i Segeltorp rinner via öppna vattendrag och kulvertar så småningom ut i Vårbyfjärden. Även Albysjön vid Flottsbro med sitt tillrinningsområde som sträcker sig upp i Glömsta ingår i Mälarens avrinningsområde.
Gömmarravinen/Gömmarbäcken, från Gömmarens naturreservat, rinner genom parken vid Vårby källa och mynnar vid Vårbybadet. Genom Vårby gård syns den torrlagda bäckravinen efter Vårbybäcken/Sätraån. Detta är den gamla sträckan för Långsjöns utlopp, men vattenflödet har på 1970-talet flyttats och kulverterats istället.
Mälaren är den enda vattentäkten av betydelse för Stockholmsområdet och försörjer 1,7 miljoner människor med dricksvatten. De huddingebor som har kommunalt dricksvatten, får sitt Mälarvatten via Norsborgs vattenreningsverk i Botkyrka kommun. För att skydda Mälaren som vattentäkt fattade länsstyrelsen år 2008 beslut om att Mälaren inom Stockholms län, och dess omgivande mark- och vattenområden, omfattas av vattenskyddsområde med särskilda föreskrifter. Vattenskyddsområdet heter därmed Östra Mälaren.
Mälarens frilufts- och naturvärden är höga. Vid Mälaren gäller fritt handredskapsfiske. Vid trolling krävs fiskekort (TDA-fiskekortet). Vårby gård har en ångbåtsbrygga, varifrån man sommartid kan åka ångbåt till Birka. En småbåtshamn finns intill Spendrups. Längs Vårbystranden finns ett par badplatser.
Östra Mälaren och dess vikar är en så kallad vattenförekomst enligt EU:s vattendirektiv, vilken omfattas av miljökvalitetsnormer. Östra Mälarens nuvarande status är "God". Den goda statusen ska bibehållas.
