Mälaren är Sveriges tredje största sjö och sträcker sig västerut bortom Västerås. I Huddinge kommun är Vårbyfjärden och Fittjaviken delar av sjön Mälaren.
Huddinge kommun har ingen egen provtagning i Mälaren. Provtagning av Mälaren som helhet sker inom Mälarens vattenvårdsförbund, där Huddinge kommun är medlem. Provtagning av den östra delen av Mälaren sker av Stockholm Vatten AB och redovisas i Stockholms Miljöbarometer. Se länkarna.
