Kvarnsjön i Lissma är en grund och näringsfattig skogssjö av brunvattentyp. Den omges av främst mager tallhällmark och myrmark. Kvarnsjön avrinner söderut genom ett dämme och vidare genom en gammal kvarndamm ned till Lissmaån och sedan vidare till Drevviken. Kvarnsjön ingår i Tyresåns sjösystem.
Kvarnsjön med omgivningar är Natura 2000-område och ingår i Lännaskogens naturreservat.