Långsjöns norra del ligger i Huddinge kommun och ingår i Paradisets naturreservat. Sjöns södra del ligger i Haninge kommun och ligger inom Svartsjöns naturreservat. Långsjön, och även Svartsjön, är näringsfattiga skogssjöar som omges av mager tallhällmark och myrmarker.
Långsjön i Hanveden
Foto: Tiina Laantee
Vattnet är naturligt starkt brunfärgat av humuspartiklar, varför denna typ av sjö även kallas för brunvattensjö (dystrof sjö). Siktdjupet är därför begränsat, men i detta fall ändå bland de bättre i Huddinge kommun. Långsjön har kalkats. Avrinningen sker diffust via våtmarker antingen åt nordost till Öran eller söderut, beroende på vattenståndet. Svartsjön är en liten sjö som ligger uppströms Långsjön. Långsjön, liksom Svartsjön och Öran, ingår i Vitsåns avrinningsområde som mynnar i Horsfjärden vid Berga.
Långsjön med omgivningar ingår i ett Natura 2000-område. Natura 2000 är naturområden med högt skyddsvärde i ett Europa-perspektiv. Dessa områden är därmed även riksintressen för naturvården.