Ågestasjön är en grund och näringsrik slättsjö. Den hör till länets främsta fågelsjöar. Sjön är dock övergödd, eftersom den belastas med näring och andra föroreningar från främst de mycket övergödda sjöarna Trehörningen och Orlången. Näringshalterna har varit extremt höga, men har minskat kraftigt sedan 1972, då avloppsreningsverket vid Trehörningen stängdes. Näringshalterna har fortsatt att minska och fosforhalterna i Ågestasjön har mer än halverats sedan början av 1990-talet.
Ågestasjön
Ågestasjön har ett stort tillrinningsområde, där det ingår många sjöar. Gömmaren och Trehörningen rinner in till Ågestasjöns nordvästra del via Västerängsån. Hacksjön, Kvarnsjön, Kärrsjön, Mörtsjön och Orlången rinner till via Orlångsån från sydväst. Ågestasjön rinner ut i sin norra del via Norrån till Magelungen. Nämnda vattenområden ingår i Tyresåns sjösystem.
Som friluftslivsområde är Ågestasjön med dess vackra omgivningar ett välbesökt naturområde. Promenader, fågelskådning, ridning, långfärdsskridskoåkning och skidåkning är några av årets aktiviter vid sjön. Området är av riksintresse för det rörliga friluftslivet och är också en del av Hanvedenkilen i den regionala grönstrukturen. Runt nästan hela sjön råder utökat strandskydd till 300 meter. Större delen av markerna inom Ågestasjöns närmaste tillrinningsområde ingår sedan 1998 i Orlångens naturreservat.
Sjön och dess närmaste våtmarker är skyddade som fågelskyddsområde sedan 1976. Det innebär att det är tillträdesförbud där för allmänheten under tiden 15 april -15 juli. Kanotfärder kan till exempel inte ske under denna tid. Det är inte heller tillåtet med jakt eller att medföra jaktredskap eller hund, vilket gäller hela året. Det är dessutom förbjudet att framföra motordrivet fartyg och sjön är inte upplåten för fiske.
Ågestasjön hör till de sjöar där vattenståndet har sänkts genom tiderna. För att i någon mån kompensera detta finns vid Ågestasjöns utlopp en vattenregleringsanläggning sedan 2007. Utloppet regleras för att åstadkomma årliga vattenståndsvariationer, vilket är positivt ur naturvårdssynpunkt.